腸道菌群失調吃益生菌的起效時間不能一概而論，與益生菌的定植率有關，所謂定植率，是吃下1億的益生菌與益生菌穿過消化道，來到腸道定植的數量之比。定植率越高，益生菌的效果越好。
一般來說，如果能達到定植兩億益生菌的話，急性腹瀉，1天左右見效；不嚴重的便秘，3-7天見效；嚴重便秘，10-30天見效；慢性胃炎，30天以上見效。每個人體質不同，時間有所增加或減少都有可能。
腸道菌群平衡不僅可以幫助食物的消化，同時還能夠調節免疫力，讓機體保持在平衡狀態。出現腸道菌群失衡，可以服用益生菌調解。服用益生菌后腸道中的有益菌就會逐漸增加，有害菌的數量也會相應減少，到時就會出現相應的效果。但是益生菌形成菌落平衡需要堅持1-2個月的時間才能夠穩定腸道菌群的平衡，避免停藥后出現反復，達到理想的效果。
在服用益生菌的期間還需要注意做好腸道的護理，比如做好腹部保暖，避免過于勞累，避免吃刺激性食物等。