腸結核早期一般會出現腹痛和排便習慣的改變，腹痛主要位于臍周或右下腹，而排便習慣主要表現為腹瀉與便秘交替存在。
腹痛一般是腸結核的常見癥狀，主要位于右下腹或者臍周間斷性發生的隱痛，一般在進餐后出現，排便、排氣后一般可緩解。腸結核時還可能導致腸道炎癥和潰瘍，一般會出現腹瀉的癥狀，而增生性腸結核可能會導致便秘，一般會表現為便秘與腹瀉交替存在。
除此之外，腸結核可能會導致肉芽組織的生長，導致腸道狹窄，患者還可能出現嘔吐等癥狀，一般情況下為進食后嘔吐，嘔吐物一般為胃內容物，還可能出現全身中毒癥狀，或出現午后低熱、乏力、消瘦、夜間盜汗等癥狀。
腸結核患者由于腹瀉，還可能會出現水電解質紊亂，一般可進行補液治療，還可使用消旋山莨菪堿片等藥物進行治療，主要還是以抗結核藥物為主，常用藥物一般有異福膠囊、利福平膠囊、鹽酸乙胺丁醇膠囊等。
腸結核患者需前往醫院感染科進行復查，日常生活中應多吃富含蛋白質的食物，定時定量用餐，避免暴飲暴食，吃易消化食物，戒煙戒酒。還應遵醫囑服藥，不可擅自停藥。