抗凝血酶3偏低有血液抗凝作用減弱的危害，還可能會導致心絞痛、腎病綜合征等病癥。
1、血液抗凝作用減弱：抗凝血酶3是人體內與凝血系統功能相拮抗的抗凝血系統，在正常情況下，兩者保持動態平衡。該指標主要反映機體抗凝系統的功能，正常范圍在290±30.2g/L，升高一般不會引起病理性后果，但降低通常表示血液抗凝作用出現不同程度的減弱。
2、心絞痛：該病是一組由心肌缺氧和供氧之間失去平衡而發生心肌缺血，從而引起疼痛的臨床綜合征，抗凝血酶3發揮作用必須與肝素結合，若是出現減弱，抗凝因子無法發揮有效作用，可能會導致血液淤積，出現胸痛、呼吸困難、胸悶氣短等心絞痛癥狀。患者可在醫生指導下使用硝酸異山梨醇片、鹽酸普萘洛爾片、硝苯地平片等藥物進行治療。
3、腎病綜合征：該病是由多種病因引起，以腎小球基膜通透性增加，表現為大量蛋白尿、低蛋白血癥、高度水腫、高脂血癥的一組臨床癥候群。常會導致尿蛋白出現不同程度地升高，若是血液抗凝作用減弱，常會導致血液循環受阻，可能會引起腎臟損傷誘發該病。患者通常需在醫生指導下使用呋塞米片、環孢素膠囊、他克莫司膠囊等藥物進行治療。
除此之外，該癥狀還可能有導致冠狀動脈粥樣硬化性心臟病的危害，需及時到醫院心血管內科、血液內科、腎內科等科室控制、治療。