乳桿菌活菌膠囊一般指陰道用乳桿菌活菌膠囊，陰道用乳桿菌活菌膠囊屬于相對安全有效的藥物，其副作用較小，常見的可能有局部瘙癢、紅腫等，僅少數人群可見。
部分體質比較過敏的患者，使用陰道用乳桿菌活菌膠囊后，可能會出現局部瘙癢、紅腫等癥狀，此時建議立刻停止用藥，并且用溫熱的清水將陰道內的藥物沖洗干凈，以便減輕不適癥狀，可以遵醫囑更換其他藥物進行治療。另外，陰道用乳桿菌活菌膠囊在塞進陰道后，部分患者可能會有局部灼熱感或者出現輕微刺痛，屬于藥物帶來的局部刺激，通常隨著繼續用藥會逐漸得以耐受，個別出現嚴重刺激癥狀的患者，也建議停止用藥，改用其他藥物進行治療。
陰道用乳桿菌活菌膠囊能夠調節陰道菌群，使其恢復到正常狀態，患者在用藥時要聽從醫生指導，避免自行盲目用藥。陰道用乳桿菌活菌膠囊一般在陰道炎癥完全治愈之后使用，主要是為了增加局部抵抗力，并不適用于急性炎癥期。