六君子丸和八珍丸的區別通常在于藥物的成分不同、作用不同等，需要按醫囑對癥用藥。
六君子丸里面含有茯苓、半夏、陳皮、甘草、白術、黨參等中藥成分，具有補脾益氣和燥濕化痰的功效，主要是用于治療脾胃虛弱或者是食量不多、氣虛痰多等，還可以用于治療慢性腹瀉或者潰瘍性結腸炎等。
八珍丸里面含有當歸、蜂蜜、茯苓、甘草、熟地黃以及黨參等中藥成分，具有補氣益血的功效，主要是用于氣血兩虛或者面色萎黃、食欲不振以及四肢乏力等。