凌晨四五點咳嗽厲害可見于氣道反應性偏高的患者，也可見于痰多的患者。治療要根據不同的病因進行對因治療。
氣道反應性偏高的患者多為咳嗽變異性哮喘、感染后咳嗽等慢性咳嗽的患者，可以臨睡前口服西替利嗪等抗過敏藥治療，必要時可予以激素吸入或者口服抗炎治療。
痰多的患者，日間直立時液體往下走，痰液在下肺部，平臥后痰液會上來，而夜間入睡后支氣管分泌的粘液不能及時排除，故在凌晨四五點時會感到痰液很多，需要經咳嗽排出來。如果痰液較多，可以口服化痰藥物，如羧甲司坦口服液等稀釋痰液、促進痰液排出。
根據引起咳嗽的原因進行治療，可能是細菌、病毒、支原體、衣原體等病原微生物，或者理化因素刺激都可以造成咳嗽。&細菌感染引起的一般予以抗生素抗感染治療，如青霉素類的阿莫西林、頭孢菌素類的頭孢克洛等。
病毒感染引起的對癥支持治療為主，必要時在醫生的指導下口服抗病毒的藥物。
支原體、衣原體等非典型菌感染引起的，予以大環內酯類阿奇霉素等抗感染治療。
理化因素的刺激引起的，只要離開這種理化因素刺激的環境，癥狀就會緩解。