通常情況下，月經第三天肚子疼得厲害，可能是飲食不當、盆腔炎等因素造成的，需要在醫生的指導下進行治療。具體分析如下：
1.飲食不當：若在月經第三天吃了生冷或涼性的食物，如西瓜、薏米、冰淇淋等，就有可能會因寒涼的刺激導致子宮內膜收縮嚴重，造成肚子疼得厲害的情況。建議喝溫熱的飲品，如姜棗茶、熱牛奶等，還可以熱敷肚子，有利于排出體內寒氣，從而緩解疼痛。
2.盆腔炎：月經期間宮頸口處于打開的狀態，若在此期間不注意衛生，就有可能使細菌進入體內，引起盆腔炎，可能會出現月經第三天肚子疼得厲害的現象。建議要定期更換衛生巾，保持陰部清潔，若疼痛嚴重，可以在醫生的指導下服用布洛芬緩釋片、對乙酰氨基酚顆粒等藥物進行治療，同時注意休息。