初中生內褲上有棕褐色的分泌物可能是初次月經、細菌性陰道病、外陰陰道假絲酵母菌病、宮頸炎、子宮內膜炎等原因造成的，建議患者及時就醫，明確病因后進行針對性的治療。
1、初次月經：初中生隨著身體發育，可能會來月經，進而導致內褲上有棕褐色的分泌物，這屬于一種正常的生理現象，一般不需要特殊治療，但要保持局部衛生，避免感染。
2、細菌性陰道病：該病是陰道內正常菌群失調所致的混合感染，容易出現陰道瘙癢、刺痛、內褲上有棕褐色的分泌物等癥狀。建議在醫生指導下使用奧硝唑陰道泡騰片、鹽酸克林霉素膠囊、頭孢拉定膠囊等藥物進行治療。可以改善陰道內菌群失調的現象。
3、外陰陰道假絲酵母菌病：如果陰道受到假絲酵母菌感染，可能會引起外陰陰道假絲酵母菌病，出現陰道腫脹、瘙癢、內褲上有棕褐色的分泌物等情況。可以在醫生的指導下使用氟康唑膠囊、硝呋太爾制霉菌素陰道軟膏、硝酸益康唑栓等藥物進行治療，可以起到殺滅假絲酵母菌的效果。
4、宮頸炎：宮頸炎的發生和病原體感染有關，可能會出現陰道分泌物增多、陰道異常出血的情況，進而導致內褲上出現深褐色分泌物，建議在醫生的指導下使用頭孢克肟分散片、注射用鹽酸大觀霉素、甲硝唑片等藥物進行治療，可以促進炎癥的消退。
5、子宮內膜炎：子宮內膜炎是子宮內膜感染病原體而發生的炎癥，主要表現為白帶異常現象，也可能導致內褲有深褐色分泌物的情況，可以在醫生的指導下使用阿奇霉素片、左氧氟沙星片、甲硝唑片等藥物來治療，可以起到抗感染的效果。
建議平時做好局部的清潔衛生，一旦出現不適癥狀，應該積極到醫院進行處理。