先天性巨結腸手術的費用通常是2萬-5萬，具體費用需要根據醫院水平以及當地價格確定，具有差異性。
先天性巨結腸手術是指將不伴有神經節細胞癥狀的小腸部分切除，以恢復小腸的功能，已由傳統的腸造瘺、開腹手術，逐步發展為簡單的經肛管脫出術、腹腔鏡輔助手術等微創手術。手術的安全性得到明顯的提高，預后的時間更短，恢復的速度更快。治療的費用一般為2萬-5萬，如果選擇普通的醫院，當地消費水平比較低，可能需要2萬元左右；如果選擇的是三甲醫院，消費水平比較高，可能需要5萬元左右。
患者需要結合病情和自身的經濟情況，選擇合適的治療方案，治療期間需要定期進行復查，了解機體的恢復情況。