通常沒有先天性巨結腸什么時候手術最好的說法，先天性巨結腸的病兒通常在出生后1-2個月行結腸造口手術，待半歲左右施行根治術。具體手術時間需根據患者病變的嚴重程度而決定，手術需在專業醫生指導下進行。
先天性巨結腸病兒的臨床表現以便秘為主，是病變腸管神經節細胞缺如的一種消化道發育畸形。大多數新生兒巨結腸病例在出生后1周內發生急性腸梗阻，臨床表現為90%病兒有胎糞性便秘，24-48小時沒有胎糞排出或只有少量。
出生后的2個月是危險期階段，各種并發癥多發生在此階段，主要有腸梗阻、小腸結腸炎、腸穿孔、腹膜炎等，其中小腸結腸炎是最常見和最嚴重的并發癥。
能耐受手術的病兒應行手術治療，新生兒巨結腸宜先行非手術治療或結腸造口手術，待半歲左右施行根治術，大多患者能耐受手術，手術后出現并發癥的概率較小。
一經確診為先天性巨結腸，要及時到小兒普外科就診，聽從專業醫生意見確定手術時間。平時應該少量多餐地進食，避免過度喂養，注意觀察寶寶有無其他不適癥狀出現，如腹瀉、嘔吐等。