由于冠脈核磁和冠脈CT的檢查原理、適用對象都不同，因此不能單純比較哪個好，需要結合病人的臨床表現，綜合分析選用哪種方式進行檢查更合適。
1、冠脈核磁：是心臟核磁(MRI)檢查，主要檢查人體心臟中，心肌細胞和心臟中動脈細胞的原子共振，通過共振的方式使人體心臟和血管成像，可以觀察到冠狀動脈的病變。心臟MRI對冠狀動脈病變檢測的敏感性、特異性以及準確性比較高，為臨床的篩查、診斷冠狀動脈病變、療效判斷，以及評估提供可靠的依據?？蓹z查人體心臟是否存在有異常，因此對于存在高危因素癥狀，同時伴有心臟結構疾病等，檢查效果較好；
2、冠脈CT：在臨床上使用較為普遍，通過在血液中注射造影劑，并利用64排CT快速多層掃描圖像重建技術，對患者的冠狀動脈狀態進行檢查，通過分析CT的結果，可以看出冠狀動脈是否出現狹窄。若患者有多重冠心病危險因素，如患有高血壓、糖尿病的患者出現胸痛、胸悶、喘不過氣等癥狀，或進行其他檢查高度懷疑冠心病時，進行冠狀CT檢查會比較好。另外，在確診的同時，還可以進行介入治療。
當醫生懷疑患者出現冠心病時，會先建議做冠脈CT，如果診斷出不是冠心病，成本相對較低。如果懷疑患者同時伴有心臟結構疾病，建議做心臟MRI排查。