低分子肝素鈉通常是指低分子量肝素鈉，肝素鈉和低分子量肝素鈉均屬于肝素類藥物，從藥物大類上分析，兩者屬于同一類藥物，但兩者之間也存在一定差異性，主要體現在理論方面、臨床應用方面，還有安全性方面的區別。因此，當存在兩種藥物使用適應證時，應嚴格遵醫囑應用，以免用藥不對癥，反而加重病情。
1、理論方面：肝素鈉屬于普通肝素的一種，而低分子量肝素鈉是對普通肝素進行進一步裂解后，降低分子量而形成的一種肝素，但兩者主要目的都是能夠抗凝，具有一定預防血栓形成的作用；
2、臨床應用方面：普通肝素，也就是肝素鈉，通常對于抗凝和抗血栓的效果相對比較均等，而低分子量肝素鈉也能夠有效應用于抗凝，不過該藥物相較于肝素鈉，抗血栓效果相對會更好一些；
3、安全性方面：在應用肝素鈉時，容易造成患者出血增多，如容易導致皮膚黏膜出血、便血、刷牙時口腔壁出血等，故在應用過程中需要4-6小時檢測一次凝血功能，并且需要根據凝血功能不斷調整肝素鈉用量。而低分子量肝素鈉是把普通肝素進一步提煉、改善后所得，其在完全保留正常肝素鈉抗凝作用的同時，使用起來更加方便，也不需要反復檢測凝血，同時所造成的皮膚黏膜出血、口腔黏膜出血、鼻出血、尿血等一系列出血幾率，要比普通肝素鈉低很多。
在使用肝素鈉和低分子量肝素鈉時需要注意，若對兩種藥物過敏，應禁止使用。同時，對于患有嚴重高血壓、胰腺病變者，也需禁忌使用肝素鈉和低分子量肝素鈉。