HPV干擾素打針和塞藥具有不同的治療效果，沒有研究表明哪一種效果更好，在治療時要根據患者的實際情況選擇適合的方法。干擾素常用于治療HPV感染患者，打針一般是指干擾素皮下注射，塞藥一般是指使用干擾素栓劑，兩者使用方法不同。具體如下：
1、干擾素皮下注射：一般用于治療病毒性疾病，如帶狀皰疹、尖銳濕疣、丙型肝炎等。普通的干擾素代謝比較快，吸收后在體內的有效期一般為4個小時。因為皮下的血管比較少，吸收較慢，所以代謝速度也比較慢，干擾素皮下注射可以使藥物充分利用。但部分女性可能會出現過敏、皮膚起紅疹、注射皮下出血、注射皮下感染等情況，一般7天左右可以自行緩解。
2、干擾素栓劑：使用時將栓劑置于陰道后穹隆，可通過陰道黏膜上皮吸收，直接在局部發揮抗病毒作用，進入體內的干擾素一部分經蛋白酶水解，另一部分經尿液原型排出體外。一般可以治療慢性宮頸炎、陰道炎，也可以預防宮頸糜爛。干擾素具有抑制細胞增殖、提高女性機體免疫功能、提高淋巴細胞對靶細胞的細胞毒性、天然殺傷性細胞的功能，還有提高免疫力的作用。部分女性在使用后可能會出現輕微腰腹酸痛、陰道不適等癥狀，一般可以自行緩解，不會影響治療效果。女性在月經期間要停止使用該藥物，同時使用該藥物時還要嚴禁性生活及坐浴，若使用時發現環境溫度過高使栓體變軟，應先在冷水中放置3～5分鐘，再撕開塑料取出藥品使用。