長效干擾素治療乙肝的成功率為2.3%-3%。治療乙肝成功是指通過治療能夠使乙肝表面抗體檢測不到，表面抗原陰轉。
一般情況下，應用長效干擾素治療48周，即將近1年的時間，乙肝病毒陰轉率能夠達到30%；e抗原也就是乙肝核心抗原，血清轉換率大約在35%，也就是大三陽轉成小三陽的概率大概為35%。乙肝表面抗原的清除，與治療過程當中表面抗原的下降幅度有較大關系，通常在治療開始階段，谷丙轉氨酶大于正常值2倍以上的患者，在治療12周之后，表面抗原的數值小于1500IU/mL，e抗原的血清轉換率可以高達68.4%，表面抗原的陰轉率可以達到2.3%-3%。停藥以后隨訪3年，患者表面抗原的清除率能夠達到11%，即停藥以后，干擾素還有一定的后續作用。因此在干擾素治療期間，要密切關注表面抗原的下降幅度和水平，這與是否能夠達到比較理想的治療目標有較大關系。
臨床治療乙肝的過程中，并不是每個人應用長效干擾素效果都好，如果在治療半年的時候乙肝病毒DNA數值下降不理想，可能需要更換其他的抗病毒治療方案。