鼻拭子較咽拭子準確，與鼻咽和口咽的解剖生理結構有關，口咽部的病毒容易隨著吞咽動作進入消化道，導致假陽性，此外，與患者配合度也有關。
鼻咽試子指采集患者鼻咽部的分泌物或脫落物并送微生物室培養的過程，而咽拭子是采取咽峽部的標本，由于鼻咽部和咽峽部解剖結構不同，口咽部病毒更易被患者通過清嗓子、吞咽動作等咽進消化道，而鼻咽部一般不會。因此鼻咽部分泌物中一般會含有大量病毒，患者做鼻咽部拭子更容易提取到病毒，準確率較高，口咽部病毒的載量較鼻咽部少，臨床上取咽拭子存在假陰性的可能。此外，部分患者咽反射較強烈，可能會出現不配合的情況，導致無法在咽峽部取到合格標本，因此鼻咽拭子較咽拭子準確度較高。
臨床上，只要掌握了正確操作方法，二種方法都有較高準確率，不需要刻意選擇采集標本的方式。