導致肛門往上一寸隱隱作痛的原因比較多，常見的有肛竇炎、內痔、肛周膿腫、直腸炎、直腸腫瘤，建議去醫院檢查，明確診斷后進行規范治療。
1、肛竇炎：多數是大腸埃希氏桿菌、變形桿菌等引起的肛竇感染，主要表現為肛門有墜脹、疼痛、瘙癢、異物感等癥狀，也可出現肛門往上一寸隱隱作痛的癥狀。應該保持局部的清潔、大便通暢，可以用高錳酸鉀溶液坐浴，同時可以通過局部用藥以及口服藥物，或者靜脈滴注等給藥方式進行抗炎治療，如使用阿奇霉素、紅霉素、甲硝唑等。如果感染較嚴重且形成瘺管，可以采取手術治療，例如肛隱窩炎切開引流術、肛乳頭切除術等；
2、內痔：主要是直腸末端黏膜下的靜脈叢擴張充血形成的靜脈團塊，典型癥狀會出現大便過程中肛門滴鮮血，如果形成血栓塊，有可能會造成肛門往上一寸隱隱作痛的癥狀。患者應該溫水坐浴，保持大便通暢，同時可以使用乳果糖、山梨醇等軟化大便。也可以通過局部用藥使其萎縮脫落，比如遵醫囑用痔瘡栓、痔瘡膏等，也可以行膠圈套扎療法讓其脫落。如果采取以上措施沒有緩解或者反復發作，可以采取手術切除；
3、肛周膿腫：指發生在肛門、肛管、直腸周圍的急性化膿性炎癥，會出現肛門疼痛紅腫，也會有肛門往上一寸隱隱作痛的感覺。如果已經形成膿腫，建議采取手術治療，可以進行膿腫切開引流術，術后采取抗生素抗炎治療，預防繼發感染，比如使用甲硝唑、硫酸依替米星等；
4、直腸炎：直腸的炎癥會造成直腸黏膜充血水腫，也會引起肛門往上一寸隱隱作痛的癥狀。患者首先應該采用流質、半流質飲食，不要吃刺激辛辣的食物，保持肛門的清潔衛生，可以涂抹鞣酸軟膏，也可以服用美沙拉秦腸溶片等藥物進行治療；
5、直腸腫瘤：例如直腸癌或者是直腸良性腫瘤，由于局部的占位也會刺激周圍組織，造成肛門往上一寸隱隱作痛的癥狀。原則上是盡早手術切除占位性疾病，比如進行根治性直腸切除術等。如果是惡性腫瘤，還應該根據程度決定是否需要放療、化療等。