一般情況下，六神丸不可以與酶制劑同吃，如蛋白酶、淀粉酶等。也不可以與亞硫酸鹽等物質同服，容易出現化學反應，降低藥效。避免與硫酸奎寧等硫酸鹽類藥物一起使用，以免引起中毒。
六神丸是由牛黃、冰片、珍珠粉、蟾酥、麝香等中藥材組成的中成藥物，具有消炎止痛、清熱解毒、利咽消腫等功效。六神丸可以用于治療咽喉腫痛、皮膚瘙癢、扁桃體發炎等病癥，也能有效緩解小兒驚嚇的情況。由于六神丸含有多種藥材，所以應避免使用與這些藥材產生反應的藥物。如雄黃通常會與多種酶制劑發生反應，從而降低六神丸的藥效；并且硫酸鹽類藥物可能會有雄黃里的硫化砷發生氧化反應，出現具有毒副作用的物質，使患者出現中毒情況，因此需盡量避免使用此類藥物。
在使用六神丸時，一定要在醫生的正確指導下使用，并且要注意自身是否為過敏性患者。而且運動員在使用六神丸時也應該謹慎，以免麝香對生活造成影響。同時幼兒盡量避免使用六神丸。