手指甲上有凹坑可能是遺傳、長期接觸刺激性物質等非疾病因素引起的，也可能是銀屑病、甲外傷以及其他疾病因素引起的，患者應對癥進行治療。
一、非疾病因素
1、遺傳：在遺傳因素的影響下，部分患者先天性指甲凹陷，一般不會伴有其他不適癥狀。
2、長期接觸刺激性物質：若患者長期接觸冷水、化學制劑等刺激性物質，可能會導致指甲受損，從而會出現局部有凹坑的現象。建議患者在平時注意局部護理。
二、疾病因素
1、銀屑病：銀屑病是一種由環境、遺傳、免疫等多種因素相互作用引起的皮膚病，主要表現為皮膚鱗屑性紅斑或斑塊，可累及甲板，表現為“頂針狀”凹陷，可伴有甲增厚、橫溝、甲渾濁、甲剝離等癥狀。建議患者去醫院進行血液檢查、類風濕因子及ANA抗體檢測、皮膚鏡檢查，并遵醫囑使用卡泊三醇軟膏、他卡西醇軟膏、他扎羅汀凝膠等藥物進行治療。
2、甲外傷：若患者的指甲不小心受到外傷，可能會使甲床部分受損，容易出現手指甲上有凹坑的現象。患者應及時遵醫囑使用碘酊、醫用酒精對局部進行消毒處理。
3、其他疾病：除上述原因外，手指甲上有凹坑還可能是微量元素缺乏、細菌感染等疾病因素引起的。另外，糖尿病、扁平苔蘚等疾病也可能會導致這種情況的發生。
綜上所述，手指甲上有凹坑的原因有很多，患者應及時去醫院皮膚科就醫。