不存在妥布霉素和左氧氟沙星哪個更好的說法，這兩種藥物雖然都是抗菌藥物，但是妥布霉素屬于氨基糖苷類抗生素，而左氧氟沙星屬于人工合成的喹諾酮類抗菌藥物，需要醫生結合患者具體癥狀和實際情況，選擇合適的藥物治療。
1、妥布霉素：這種藥物在臨床上主要有注射用硫酸妥布霉素、妥布霉素眼膏和妥布霉素滴眼液。因為妥布霉素通過口服的形式難以吸收作用于人體，所以沒有口服藥的形式。作為注射劑主要通過肌內或靜脈滴注的形式給藥，可用于治療變形桿菌屬、腸桿菌屬以及銅綠假單胞菌等導致的各種感染，如膿毒癥、敗血癥、生殖器感染、泌尿器感染、肺炎、腦膜炎等。作為眼部用藥，主要是于敏感菌導致的眼部感染。但是存在藥物過敏或腎衰竭的患者不能使用這類藥物，而且此藥存在腎毒性和耳毒性，不能長期使用；
2、左氧氟沙星：左氧氟沙星抗菌作用強，抗菌譜廣，而且存在形式多樣，給藥途徑也不同，主要有口服藥、滴眼液以及注射劑，均是通過降低致病菌活性，而起到抗菌目的。可用于治療鼻竇炎、肺炎、尿路感染、結膜炎、角膜炎等細菌感染性疾病。左氧氟沙星也不宜長期使用，可能會引起低血壓、腹瀉、失眠等不良反應。
無論是妥布霉素還是左氧氟沙星，因為可以通過血液、乳汁，所以孕婦以及哺乳期女性一般不建議使用。但相對于兒童眼部用藥來說，妥布霉素滴眼液較左氧氟沙星滴眼液安全性更高一些。