甲磺酸左氧氟沙星、鹽酸左氧氟沙星制劑包括片劑、注射劑等，二者都是氟喹諾酮類藥物，抗菌譜也大致相同，但是分子結構、溶解性等存在差別。兩種藥物都具有抗菌作用，在臨床上得到比較廣泛的應用，都是通過抑制細菌DNA復制的旋轉霉活性，達到抗菌的效果。
一、分子結構：1、甲磺酸左氧氟沙星：具有獨特的三環結構，結構更穩定，其酸根為甲磺酸根，通常情況下可以在體內發生代謝；
2、鹽酸左氧氟沙星：分子結構比較復雜，所含的基團比較多，分子結構容易受到環境條件的影響，對微生物具有較強的抑制性。其酸根為氯離子，氯離子在人體內大量存在，一般在人體內會直接排出或者產能。
二、溶解性：甲磺酸左氧氟沙星具有較強的脂溶性，而鹽酸左氧氟沙星具有水溶性。
三、其他：甲磺酸左氧氟沙星和鹽酸左氧氟沙星都存在一定的副作用，如會引起惡心、嘔吐、頭暈、頭痛等。兩者引起的中樞神經系統反應相差不大，但引起的消化系統反應存在一定的差別。甲磺酸左氧氟沙星的消化道不適癥狀一般較鹽酸左氧氟沙星稍微重一些。
兩種藥物主要用于治療敏感細菌引起的呼吸、生殖、泌尿系統感染等，需要嚴格在醫生的指導下使用，以免使得不良反應加重，或是藥不對癥而延誤病情。