長期服用法莫替丁的副作用有過敏反應、消化系統的反應、神經系統的反應等，患者需對癥處理。
1、過敏反應：法莫替丁是一種抗酸類藥，主要用于消化性潰瘍病、應激性潰瘍、急性胃黏膜出血、胃泌素瘤、反流性食管炎等疾病。如果患者對該藥物過敏，長期服用可能會引發過敏反應，表現為皮疹、呼吸困難等癥狀，一般發生的頻率較為常見，出現這種情況，建議患者在醫生的指導下停止使用，必要時更換其他藥物。
2、消化系統的反應：由于長期使用該藥物，進入人體后作用于胃腸道，部分患者服用后，還可能會出現口干、惡心、嘔吐、腹瀉、便秘、食欲減退等消化系統的反應。一般發生頻率不常見，出現該癥狀時，建議患者適當喝水，能夠緩解不適，必要時需要在醫生的指導下停止服用。
3、神經系統的反應：由于患者長期服用法莫替丁，可能會造成神經功能紊亂，進而可能會出現頭暈、頭痛、睡眠困難、全身乏力等神經系統的癥狀，一般比較少見，而且在停藥之后可以緩解。
另外，長期服用法莫替丁的副作用還可能有月經不調、面部水腫、耳鳴等，一般比較罕見，出現副作用時，建議前往消化內科就診。