兩性霉素B是一種治療霉菌的藥物，但是處方藥，與常見的克霉唑等藥物有所不同，因此需要在醫生的指導下使用。臨床上如果發現患者患有嚴重的肺部病變或者其他部位存在炎癥時，應該及時進行抗感染治療。當懷疑存在真菌感染時，可以考慮采用靜脈注射、鞘內注射或局部注射的方法進行治療，需要及時就醫進行治療。
兩性霉素B被認為是一種對抗真菌的藥物，由于霉菌是真菌的一種，因此兩性霉素B具有治療霉菌的效果。目前臨床常用于治療各種真菌病及某些細菌性疾病，如皮膚軟組織感染、尿路感染等。工作原理是與敏感真菌細胞膜上的固醇結合，損害細胞膜的透性，從而導致細胞內的關鍵物質，例如鉀離子、核苷酸和氨基酸等外泄，這會破壞霉菌細胞的正常代謝過程，進而抑制其生長。
兩性霉素B主要用于治療由敏感真菌引發的深層真菌感染，特別是病情持續惡化的患者，例如敗血癥、心內膜炎、腦膜炎、腹腔感染、肺部感染、尿路感染以及眼內炎等。該藥在臨床上主要用于各種念珠菌病，包括白色念珠菌、隱球菌及白色念珠菌引起的皮膚真菌病。盡管這種藥物具有治療霉菌的效果，但其副作用也相當明顯。