一般來說，孩子三歲九個月打了流感疫苗以后可以吃孟魯司特，但是應該按醫囑合理的吃。具體分析如下：
流感疫苗是用來預防流行性感冒病毒引起的流行性感冒的疫苗；孟魯司特適用于1-14歲兒童及15歲以上成人哮喘的預防和長期治療。通常孩子三歲九個月打了流感疫苗以后可以吃孟魯司特，兩者并不沖突，不會出現不良化學反應，進而不會影響各自的效果。
但是，藥物具有一定的副作用，家屬應該按醫囑合理給孩子服用藥物，以免影響孩子的身體健康。