在臨床上，呼吸道病毒五聯檢測通常指呼吸道病原體五聯檢測，一般能檢查出肺炎衣原體、肺炎支原體，以及呼吸道合胞病毒、腺病毒、柯薩奇病毒。以上五種病原體容易導致咽喉炎、支氣管炎、肺炎等疾病，通過呼吸道病毒五聯檢測有助于明確疾病的診斷。
1、肺炎衣原體：如果呼吸道病原體五聯檢測結果表現為肺炎衣原體血清學提示陽性反應，說明可能存在肺炎、氣管炎、支氣管哮喘等疾病，通常會導致患者出現發熱、干咳、咽喉痛、聲音嘶啞等不適；
2、肺炎支原體：呼吸道病原體五聯檢測結果表現為肺炎支原體血清學提示陽性反應，說明可能存在感冒、咽炎等疾病，通常會伴隨咳嗽、喉嚨腫痛等癥狀；
3、呼吸道合胞病毒：常見于感冒、肺炎等疾病，可能會出現發熱、咳嗽等癥狀。進行間接免疫熒光法試劑檢測，可見血液中的呼吸道病原體五聯檢測結果為陽性；
4、腺病毒：常見于咽喉炎、肺炎等疾病，通常會有發熱、咽喉腫痛等癥狀。采用呼吸道病原體五聯檢測，可見腺病毒脫落細胞核內有明顯熒光，呈現陽性狀態；
5、柯薩奇病毒：常見于皰疹性咽頰炎、手足口病等疾病，會有體溫升高、口腔皰疹等癥狀。通過呼吸道病原體五聯檢測，可見柯薩奇病毒部位有熒光反應，結果為陽性。