如果扁平疣冷凍后起水泡，一般可以通過及時消毒、外用藥物、口服藥物等方法來改善。具體分析如下：
1.及時消毒：扁平疣冷凍后起水泡，可能是周邊的皮膚軟組織壞死，造成的炎癥性水泡，患者應及時去醫院就診，在醫生的指導下用碘伏進行消毒，并注意觀察其情況，盡量不要將其戳破，以免發生感染。
2.外用藥物：患者在進行消毒后，還應在醫生的指導下外用紅霉素軟膏、克霉唑乳膏、鹽酸特比萘芬乳膏等藥物進行治療，有利于促進其消退，從而改善病情。
3.口服藥物：患者的扁平疣如果冷凍后起水泡，在外用相關藥物的同時，還應在醫生的指導下口服羅紅霉素片、鹽酸多西環素片、阿莫西林膠囊等藥物進行治療，可以起到預防病情加重的作用。