可待因存在容易引起體位性低血壓、呼吸抑制、心跳減慢、腸道癥狀等副作用，用量過大還可能導致驚厥，長時間使用容易產生耐藥性、成癮性。
可待因屬于一種鎮痛藥和中樞性止咳藥，對中樞神經系統有一定抑制，使用后容易出現副作用。一般情況下，對于非臥床患者，使用后容易出現血壓下降的情況，嚴重者還會出現直立性低血壓、暈厥等表現。而且還會抑制呼吸中樞和心跳中樞，導致患者的呼吸強度變弱、呼吸減慢且不規律，還容易導致心跳變慢，可使心肌收縮功能降低、排出量減少。部分患者用藥后會出現蕁麻疹、皮疹、惡心、嘔吐，以及腹瀉、精神抑郁等不適。
如果可待因用量過大，還可能導致患者出現驚厥、震顫或不能自行控制肌肉運動等情況，有些患者還會出現精神抑郁、肌肉強直等癥狀，嚴重者會出現瞳孔縮小、精神錯亂等表現。
如果可待因使用時間過長，有些患者還會產生耐藥性，使藥物的鎮痛作用和止咳作用減弱。并且有些患者還會出現成癮性，停藥后出現食欲減退、流涕、寒戰、打哈欠、多汗、虛弱無力等癥狀。
可待因屬于處方藥物，必須在專業醫生的指導下使用。用藥期間如果出現嚴重副作用，需要立即停止用藥，及時到醫院檢查治療。