孕囊排出后三天腹部還痛可能是子宮收縮、不全流產、宮腔感染、盆腔炎、子宮內膜異位癥等原因導致的，女性需要及時到醫院就診，并且配合醫生對癥治療。
1、子宮收縮：孕囊排出后，子宮會通過收縮來恢復正常大小，可能會引起腹部疼痛。這是正常的生理現象，一般疼痛程度較輕。女性可以注意休息，按照醫囑使用布洛芬緩釋膠囊、對乙酰氨基酚片等藥物進行治療，通常可以起到止痛的作用。
2、不全流產：如果孕囊排出不完全，可能會導致子宮持續收縮，引起腹部疼痛，還可能伴有陰道出血。女性需要及時進行超聲檢查，確診后可以按照醫囑使用益母草顆粒、新生化顆粒等藥物進行治療，一般可以促進子宮收縮，幫助排出殘留組織。如果藥物治療效果不佳，可能需要進行清宮手術。
3、宮腔感染：孕囊排出過程中，如果操作不當或不注意衛生，可能會引起宮腔感染，出現腹部疼痛、發熱、陰道分泌物增多等癥狀。女性應注意個人衛生，可以按照醫囑使用頭孢克肟膠囊、甲硝唑片等藥物進行治療，一般可以起到抗菌消炎的作用。
4、盆腔炎：女性在孕囊排出后，身體抵抗力下降，容易受到病原體感染，引發盆腔炎，出現腹部疼痛、墜脹、腰酸等癥狀。可以按照醫囑使用左氧氟沙星片、阿奇霉素片等藥物進行治療，一般可以起到抗感染的作用。
5、子宮內膜異位癥：孕囊排出可能會導致子宮內膜組織異位到子宮肌層或其他部位，引起子宮內膜異位癥，出現腹部疼痛、痛經等癥狀。可以按照醫囑使用對乙酰氨基酚片、醋酸甲地孕酮分散片等藥物進行治療，通常可以起到抑制雌激素合成、止痛等作用。
女性在孕囊排出后要注意休息，避免勞累和性生活，保持外陰清潔，觀察陰道出血情況。