懷孕期間胎兒發生基因突變可能是由于遺傳、藥物、化學物質、電離輻射以及病毒感染等原因導致，懷孕避免基因突變的方法主要有做好孕前檢查、調整生活習慣、注意日常防護等。
1、做好孕前檢查：在懷孕前男女雙方都要進行詳細的孕前檢查，如體格檢查、血常規、尿常規、陰道分泌物檢查、肝功能檢查、腎功能檢查等，必要時還可進行遺傳咨詢。通過這些檢查可以發現一些潛在的風險，如果出現問題可以提前的治療和干預，降低懷孕后胎兒出現基因突變的風險；
2、調整生活習慣：在備孕期間及懷孕期間要建立健康的生活方式，戒煙酒，避免熬夜，遠離放射線或者化學物質等，懷孕后盡量避免病毒感染，這些不良因素都有可能會增加基因突變的機會。另外要避免不良情緒，保持樂觀的心態。懷孕期間要多吃營養豐富的食物，孕早期還要在醫生的指導下補充葉酸，預防孕婦貧血和胎兒畸形，還要進行適當的低強度運動，如散步、打太極等，增強自身的抵抗力；
3、注意日常防護：如果從事與電離輻射有關的工作，可以暫時調離工作崗位，如果不能調離崗位一定要做好防護措施，如穿防護服等。新裝修的房屋也可能存在不良的化學成分，如甲醛，孕婦要盡量避免住剛裝修的房屋；
4、其他方法：在懷孕期間服用一些藥物可能會對胎兒產生不良影響，如四環素、鏈霉素、慶大霉素等，因此懷孕期間要盡量避免用藥，或在醫生指導下謹慎用藥。懷孕期間還要定期進行產檢，不同時期檢查的內容也不相同，通過產檢能夠早期發現胎兒畸形或基因突變，及時規避風險。
胎兒基因突變是較復雜的過程，目前對病因并不能夠做到全部了解，上述措施對于避免胎兒基因突變有一定作用。