功能性便秘表示患者具有便秘癥狀，但通過腹部觸診、直腸指診、內鏡檢查等未發現胃腸道有結構性異常或生化學異常的功能性腸病，一般可以吃枸櫞酸莫沙必利分散片、乳果糖口服溶液、麻仁潤腸丸等藥物。
1、枸櫞酸莫沙必利分散片：該藥物為消化道促動力劑，能夠促進乙酰膽堿的釋放，從而刺激胃腸道的運動，起到促動力的作用，適用于改善功能性消化不良、慢性胃炎等疾病引發的噯氣、早飽、上腹脹等不適癥狀。
2、乳果糖口服溶液：乳果糖口服溶液的主要成分是乳果糖，通過藥物成分發揮作用，有助于促進腸道嗜酸菌生長，刺激腸道蠕動，從而利于大便排出，起到緩解便秘的作用，使排便恢復正常。
3、麻仁潤腸丸：麻仁潤腸丸是含有火麻仁、木香、陳皮、白芍等藥物成分的中成藥，主要具有潤腸通便的功效，對于功能性便秘造成的排便困難、排便不暢等具有改善效果。
此外，還可以吃西沙必利片、乳酸菌素片等藥物，但應注意遵醫囑進行。因為該疾病一般和不良的飲食習慣、不良排便習慣、缺乏運動等有關，所以建議患者平時合理飲食，適當增加膳食纖維的攝入，多喝水，養成定時排便和適度運動的習慣。