一般而言，百樂眠膠囊治失眠通常有副作用，有可能會引起過敏反應，也有可能會刺激胃腸道而引起胃腸道不適。因此，建議患者遵醫囑使用百樂眠膠囊，以降低此類副作用發生概率。
1、過敏反應：百樂眠膠囊是一種中成藥，由百合、刺五加、首烏藤、合歡花、麥冬、五味子、燈心草等各種中藥材組成，具有滋陰清熱、養心安神的功效，多用于治療陰虛火旺型失眠癥。但由于其成分較為復雜，也不排除有個別患者對其中的藥物成分過敏，若此類患者服用后，可能會表現為皮膚瘙癢、皮膚紅腫等現象。而如果出現以上癥狀，建議患者及時停藥，并可以遵醫囑口服鹽酸左西替利嗪片、氯雷他定片等抗過敏藥物進行治療；
2、胃腸道不適：百樂眠膠囊雖然是一種中成藥，但是也具有一定刺激性，在服藥后可能會引起惡心、腹痛等胃腸道不適癥狀。而若出現以上癥狀，也需要及時停藥，同時應注意飲食清淡，避免攝入辣椒、大蒜等辛辣刺激性食物，以免導致不適癥狀加重。
除此之外，服用該藥后有肝生化指標異常個案報告，如丙谷轉氨酶異常升高等，但大多在停藥后可恢復正常。任何藥物都存在一定的副作用，所以患者需要在醫生指導下按時、按劑量服用藥物，不可以擅自用藥。