皮膚病是一個復雜的領域，許多癥狀可能由多種原因引起。根據描述，你的侄女從出生起就存在皮膚問題，尤其是掌心和腳底的皮膚異常粗糙，并伴隨長期脫皮現象。這種癥狀可能與遺傳因素、環境影響或某些潛在的健康問題有關。
首先，需要考慮的是常見的皮膚病，如魚鱗病、濕疹或其他角質代謝障礙疾病。這些疾病可能導致皮膚干燥、脫皮和異味。此外，腳底出現裂口可能是因為過度干燥或感染了真菌。
根據你提到的情況，4歲時在武漢醫院的檢查顯示手心有黑點，這可能提示某種皮膚病的表現。雖然經濟原因未能進一步治療，但建議再次尋求專業皮膚科醫生的幫助，進行詳細的體格檢查和必要的實驗室檢測，如血液檢查或皮膚活檢。
此外，你提到她媽媽懷孕時羊水較少，這種情況可能與胎兒發育有關，也可能影響到皮膚的正常發育。然而，這種關聯性需要進一步的研究和證據支持。
總之，建議盡快帶你的侄女到大型綜合性醫院的皮膚科就診，尋求專業的醫療幫助。通過系統的診斷和治療，或許能夠找到病因并改善癥狀。早期干預對長期健康至關重要。