膿腫分枝桿菌可以通過抗生素進行治療，但并不存在所謂的特效藥。臨床上可能敏感的藥物包括替加環素、硫酸阿米卡星、注射用亞胺培南西司他丁鈉、頭孢西丁鈉等
膿腫分枝桿菌是非結核分枝桿菌的一種，是一種條件致病菌，在自然界中廣泛存在。此菌存在多重耐藥性，而且增長迅速，可導致廣泛的感染，如肺、皮膚和軟組織、中樞神經系統等，尤其是免疫力低下的患者感染較重，普通抗生素治療無效，因此治療是比較困難的。
一般患者入院后需要進行菌株培養及藥敏試驗，根據試驗結果選擇最敏感的抗生素進行聯合治療。如果能夠及時找到敏感抗生素，并進行針對性治療，膿腫分枝桿菌感染是可以治愈的。如果病情遷延反復而又沒有發現最敏感的抗生素，那么就很難治愈。
建議患者及時到醫院就診，明確診斷后遵醫囑進行用藥治療。