孩子凌晨一兩點咳嗽厲害可能是生理性原因所致，還可能與過敏反應、鼻涕倒流、胃食管反流等病理性原因有關。建議家長及時帶孩子到醫院就診，明確病因后進行積極治療。
一、生理性因素：如果孩子晚上睡覺前未能保證充足飲水，且室內濕度較低，尤其是秋冬季節天氣干燥，且北方室內暖氣，可使室內環境更加干燥，則會因咽喉部黏膜干燥而導致孩子凌晨一兩點咳嗽厲害的情況發生。
二、病理性因素：1、過敏反應：如變異性哮喘等，孩子在晚上睡覺時，由于室內空氣流通性差，空氣中的粉塵、塵螨等刺激孩子氣道，引起氣管痙攣，且由于夜間迷走神經活躍，神經末梢處于高度敏感狀態，在接觸過敏原時，也易引發咳嗽反射，而出現凌晨一兩點咳嗽厲害的情況；
2、鼻涕倒流：如果孩子本身存在鼻炎、鼻竇炎等疾病，鼻腔內出現較多分泌物，而孩子睡覺時會保持臥位，此時可出現鼻涕倒流的情況，可刺激咽喉部導致孩子凌晨一兩點咳嗽厲害；
3、胃食管反流：如果孩子本身存在胃食管反流，在睡眠時由于發生體位改變，容易導致胃酸反流，可刺激孩子咽喉部出現咳嗽癥狀，也可表現為孩子凌晨一兩點咳嗽厲害的情況。