雙氧水漱口后牙齦更痛可能是由于雙氧水的濃度過高所導致，也可能是因口腔牙齦存在炎癥引起。建議患者嚴格按醫囑使用藥物，以減輕藥物帶來的副作用。
雙氧水是一種無機化合物，屬于強氧化劑，通常為無色透明液體，一般情況下會緩慢分解成水和氧氣，主要應用于醫用傷口消毒、殺菌，并且具有發泡作用，能清除外傷殘留的異物。一般醫用的雙氧水濃度為3%，而漱口用的雙氧水通常需要進行稀釋，使其濃度降低后再使用，因為口腔及牙齦黏膜相對比較柔軟，過高濃度的雙氧水不但能消毒殺菌，還會對正常口腔黏膜及牙齦組織產生過氧化反應，從而引起細胞組織脫水，導致牙齦因過氧化反應而產生疼痛。通常建議患者詢問專科醫生后再使用雙氧水，一般建議將雙氧水稀釋2-5倍后漱口使用，此時過氧化反應會相對減弱，對正常組織的損傷也會減弱。
另外，當患者口腔衛生較差，牙石、牙菌斑聚集導致牙齦炎時，牙齦會表現為紅腫，刷牙或進食時牙齦可能會伴有出血。此時如果使用雙氧水漱口，雙氧水會作用于具有炎癥的牙齦上，牙齦組織在過氧化反應下可出現疼痛癥狀。通常建議患者使用稀釋的雙氧水漱口后再應用清水進行漱口，去除部分殘留的雙氧水，以減輕疼痛。