真菌和細菌是兩種不同的病原體，相比而言細菌性中耳炎的發病幾率較高。建議根據患者發病時的具體臨床癥狀，以及臨床檢查，來判斷真菌還是細菌中耳炎。
一、臨床癥狀：1、細菌性中耳炎：發病期間患者容易出現耳道內疼痛堵脹、耳屎潮濕、耳朵流膿、耳鳴、聽力下降，以及發熱等臨床表現；
2、真菌性中耳炎：發病早期患者耳部不適癥狀并不會很明顯，隨著病情的發展會出現耳朵瘙癢感、耳悶等臨床表現。
二、臨床檢查：1、細菌性中耳炎：發病期間血常規檢查多會顯示白細胞、中性粒細胞計數明顯升高，而且通過耳窺鏡檢查，可以發現中耳道黏膜存在明顯的充血、腫脹、糜爛以及分泌物增多等臨床表現，嚴重者可發現鼓膜存在不同程度的穿孔情況；
2、真菌性中耳炎：發病期間血常規檢查并不會出現明顯的變化，耳窺鏡檢查多會發現患者中耳道內蓄積較多的皮屑或奶酪樣物質，耳道黏膜會存在輕微紅腫現象。