新生兒頭頂凹陷摸上去軟軟的可能是生理性因素引起，也可能是缺鈣、脫水、頭部外傷等病理性因素導致。如果新生兒頭頂處出現凹陷后，并沒有其他不適癥狀產生，不用過度緊張，如果伴有嗜睡等不適癥狀，則需要前往新生兒科進行檢查，明確病因后在醫生的指導下治療，避免延誤病情。
一、生理性因素：新生兒頭部中間是前囟門部位，在剛剛出生時，這個部位一般處于打開狀態，這時可能會出現新生兒頭頂凹陷摸上去軟軟的情況，但是隨著骨骼的不斷發育，在前囟門閉合后，癥狀會逐漸消失，不用特別擔心。
二、病理性因素：1、缺鈣：如果新生兒體內缺乏鈣元素，可能會影響骨骼的發育，這時骨骼強度會比較小，也可能產生頭頂凹陷摸上去軟軟的情況。此時可以在陽光比較溫和不刺激時，帶新生兒照射陽光，促進維生素D合成，也能一定程度上促進鈣元素吸收，還可以遵醫囑予以葡萄糖酸鈣鋅口服溶液、乳酸鈣片等藥物補鈣；
2、脫水：如果新生兒出現嚴重腹瀉的情況，可能會導致身體出現脫水的癥狀，這時皮膚彈性也會比較弱，可能會產生頭頂凹陷摸上去軟軟的癥狀。此時需要到醫院就診，糾正脫水，明確診斷后對癥治療；
3、頭部外傷：新生兒頭部骨骼比較脆弱，如果受到外傷擊打，可能會因此而導致頭部出現外傷性凹陷，從而出現頭頂凹陷摸上去軟軟的癥狀。如果新生兒頭部外傷性凹陷程度比較小，隨著顱骨的發育，可能會自行緩解，恢復期間不要觸碰患處。