超聲內鏡一般不可以切除間質瘤，但是可以在超聲內鏡的幫助下通過手術切除。
超聲內鏡是內鏡和超聲相結合的消化道檢查技術，可以觀察胃腸道內的組織、結構以及周圍鄰近臟器，屬于一種影像學檢查，可以做為食管癌、胃癌、結腸癌、慢性胰腺炎等疾病的診斷，但是并不具有切除間質瘤的作用，不過在超聲內鏡的介導下可以通過介入手術切除間質瘤。
如果間質瘤有惡變的傾向，不建議采用超聲內鏡介入手術治療，應該在醫生的指導下通過開放性手術治療，術后還需要進行放化療，能夠防止骨轉移或復發。在恢復期間要定期到醫院進行復查，合理安排飲食，多吃膳食纖維含量比較高的食物，保持大便通暢。對于臥床的病人要定期進行翻身、拍背，避免發生褥瘡，同時還要保持良好的心態，避免產生緊張或者焦慮的心理，注意房間內要通風換氣，以免過于潮濕。