嗓子疼通常指咽痛。肺炎支原體感染可能會咽痛，也可能不會咽痛。
肺炎支原體通常存在于呼吸道黏膜，通過黏附和釋放毒性物質，導致呼吸道損傷，并進一步誘發機體免疫反應，嚴重時可對皮膚、心臟、血液系統等造成損害。肺炎支原體引起的損傷程度與感染的肺炎支原體數量有關，如果感染的肺炎支原體數量較少，患者的癥狀較輕，患者初期可有乏力、周身肌痛等癥狀，2-3天后可自行緩解，此時咽喉一般不會出現疼痛的癥狀，在休息一段時間后可逐漸康復。
如果感染的肺炎支原體數量較多，導致呼吸道損傷嚴重，可引起患者發熱，一般為中等度發熱，可能伴隨持久性劇烈干咳、濃痰、頭痛、咽痛、胸部疼痛等癥狀。其中，咽痛主要是肺炎支原體的代謝物刺激咽喉黏膜導致的，也可能是患者在咳嗽時，由于氣流劇烈的沖擊咽喉局部神經，從而出現疼痛癥狀。
如果病情嚴重，患者可遵醫囑使用抗生素減輕癥狀，縮短病程，常用的藥物包括羅紅霉素片、克拉霉素膠囊等。在恢復期間，患者要避免熬夜，保證充足睡眠，注意室內空氣流通，保持室內適宜的溫度和濕度。