肺結核短程化療療程一般在6個月左右，肺結核化療應遵循肺結核治療用藥的原則，即早期、聯用、足量、規范、全程。治療期間不能停藥，也不可隨意換藥或漏服。
1、強化期：肺結核的初治患者可先進行為期2個月的強化期治療，藥物一般選擇利福平、異煙肼、鹽酸乙胺丁醇、吡嗪酰胺、硫酸鏈霉素等，同時需配合還原型谷胱甘肽、丁二磺酸腺苷蛋氨酸等護肝藥物保護肝臟。強化期的目的主要是快速殺滅結核分枝桿菌，并將傳染性降至最低；
2、鞏固期：2個月的強化期結束后，就進入為期4個月的鞏固期，一般建議使用利福平、異煙肼等藥物配合護肝藥進行治療，鞏固期的目的主要是避免復發。
肺結核短程化療期間要定期檢查X線胸片、CT以及肝功能，對于少數復治患者或耐藥性肺結核患者，可能需要相應地延長治療時間。治療過程中患者需戒煙戒灑，加強飲食營養，多吃富含維生素的食物以及富含優質蛋白的食物，如青菜、蘋果、香蕉、雞肉、牛奶、雞蛋等，促進病情恢復。