乙肝疫苗第三針不打，可能會導致全身抗體水平下降，患有慢性乙型病毒性肝炎的概率增加。
乙肝疫苗是用于預防慢性乙型病毒性肝炎的特殊藥物。疫苗接種后，可刺激免疫系統產生保護性抗體，這種抗體存在于人的體液中，乙型肝炎病毒出現后，抗體會立即作用，將其清除，阻止感染，并且不會傷害到肝臟，從而使人體具有預防乙肝的免疫力，以達到預防乙型肝炎病毒感染的目的。
接種第一針乙肝疫苗后，只有30%的人產生乙肝表面抗體，而且抗體效果很不穩定；接種第二針后，有90%的人產生抗體；接種第三針后抗體的陽性率可達96%以上，而且抗體效果持續維持在較高水平。打完第二針后不打第三針，會使身體內的抗體水平很快下降，使疫苗起不到預防乙肝的效果，比較容易感染上乙肝病毒。
建議接種者在接種疫苗后前往醫院做下乙肝五項檢測，確定到底有沒有產生抗體，沒有產生抗體的需要考慮重新注射乙肝疫苗，直到產生抗體為止。如果正常的免疫一周期注射完，沒有產生抗體，再考慮加強免疫注射。平時要做好衛生護理，預防生活中的傳染性疾病。