通常來說，真菌感染是否能徹底去除，需要視情況而定。若是淺部真菌感染，有機會徹底去除；若是深部真菌感染，可能難以徹底去除。
真菌在自然界分布廣泛，絕大多數對人有利，臨床上將致病真菌分為淺部真菌和深部真菌。淺部真菌有親嗜表皮角質特性，侵犯皮膚、指甲及須發等組織，繁殖能力較強，可能會對身體造成機械刺激損害，同時產生的酶及酸等代謝產物，可能會引起炎癥反應和細胞病變，一般淺部真菌感染經過規范治療能徹底去除；深部真菌可侵犯皮下、內臟、腦膜等處，引起慢性肉芽腫及壞死，可能難以徹底去除。