寶塔糖一般指磷酸哌嗪寶塔糖，其副作用對人危害比較大，在服用的過程當中可能會產生較多的不良反應。也有可能會導致神經肌肉毒性，服用的時候需要特別謹慎。
磷酸哌嗪寶塔糖具有麻痹蛔蟲的作用，通常用于治療兒童蛔蟲病，服用之后可以對蛔蟲產生刺激，可以隨著胃腸的蠕動而逐漸地排出。雖然治療蛔蟲病有較好的效果，但是副作用通常比較多，在用藥期間較為常見的不良反應較多，如惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉、頭痛、蕁麻疹等，停藥之后癥狀會逐漸消失。
如果自身的體質比較敏感，在服用藥物的過程中也有可能會發生過敏反應，如流淚、流涕、咳嗽、眩暈、嗜睡、哮喘等。也有部分人在服用的過程中，出現病毒性肝炎樣表現、瞳孔縮小、調節障礙、麻痹性斜視等情況。寶塔糖對兒童具有潛在的神經肌肉毒性，如果有長期過量使用的情況，對于人體的危害比較大。如果存在營養不良或者貧血現象，通常需要先采取措施糾正，再服用寶塔糖，從而盡可能減少對身體的損害。