肛門內的疣體可以采取藥物治療、手術治療等方式去除。
如果患者的肛門出現疼痛、紅腫、潰瘍等癥狀，可以在醫生指導下使用氟尿嘧啶軟膏、維A酸乳膏等藥物治療，將藥物均勻涂抹在肛門處。但是，如果疣體較大影響排便，患者需要進行手術治療，切除疣體。
在治理后患者需要保持清淡的飲食。