亞急性甲狀腺炎可以通過西醫的藥物來進行治療。此時要根據病人的情況選擇合適的藥物。如果是輕度的，可以緩解局部癥狀，也可以緩解甲狀腺功能的異常。
常用的止痛藥物是阿司匹林，也可以服用醋氨基酚、水楊酸鹽等藥物，對亞急性甲狀腺炎有很好的控制作用。如果是比較嚴重的病人，出現了發熱、疼痛等癥狀，可以使用口服阻滯劑普萘洛爾等非類固醇抗炎藥。
也可以使用強的松等糖皮質激素，這是一種能夠迅速減輕病人身體不適的藥物。在治療期間要注意觀察病人的血沉變化，并在醫生的指導下使用藥物。