血源性肺膿腫的常見的病原菌是金葡菌，而大腸手術后出現的肺膿瘍主要是大腸埃希菌和變形桿菌，大部分時候身體都能抵御這種細菌的感染，通常是不會發生的，但是如果身體免疫力降低或者是進行了有創的手術，都會導致感染，需要及時就醫治療。
1、金黃色葡萄球菌：可以在身體的各個地方，比如皮膚、咽、鼻黏膜等，在機體免疫力下降或者進行外傷手術時，比如插管等，可以通過損傷的皮膚黏膜、呼吸系統等進入體內，引發細菌血癥，再通過血液傳播到肺部，造成小血管的栓塞癥，肺部組織發炎、壞死，最終發展為膿瘍。肺部CT以肺部實變、肺部彌漫性膿腫為主，隨疾病進展可呈一側或兩側胸腔積液。較好時，局部空腔消失，殘留少量纖維化。
2、大腸桿菌和阿米巴原蟲：在消化道中屬于正常的細菌群落，通常不會引起疾病。術后，由于術后的腸道微生態失調，加上外科治療，患者的抵抗力下降，通過血液進入肺部，阻塞了細小的支氣管，導致了小血管炎癥和細菌的大量滋生，導致肺組織膿性炎癥和壞死，從而產生血源性的肺膿腫，壞死組織溶解破裂，通過支氣管流出，從而產生具有氣體和液體的空間。
另外，由厭氧細菌或微厭氧鏈球菌及革蘭氏陰性桿菌所引起的肺部膿腫通常是由腹腔或骨盆引起，而其他一些較為少見的原因則是霍亂弧菌、炭疽桿菌等。