功能性消化不良的治療可采用中醫治療和西醫治療。中醫治療：中醫認為功能性消化不良跟情緒有關，是脾虛肝郁的表現，服用一些以疏肝健脾、理氣、助運為主的藥物進行治療。可以起到疏肝解郁、活血止痛的作用，迅速緩解胃腸不適和消化不良癥狀。西醫治療：服用一些抑制胃酸分泌藥物，還可以選擇性地用H2受體拮抗劑或質子泵抑制劑類藥物來治療，可以緩解上腹痛癥狀，并且使消化不良的癥狀得到緩解。