射精疼痛多為生殖器官的器質性病變所致。尿路及性器官感染男性下尿路感雜是導致射精疼痛的最常見原因。射精時的一系列節律性收縮對炎癥病灶是一種機械性刺激，常伴隨射精動作出現劇烈疼痛。另外，精囊炎和附睪炎也會造成射精疼痛，這是由于除了它們本身病變引起的疼痛外，加之分泌液和精子排入輸精管，越發會使疼痛加劇所致，也會發生疼痛性遺精。