牙齦囊腫通常不會癌變。
牙齦囊腫通常不會發生癌變，而單純的牙齦軟組織囊腫則較為罕見，常見于牙源性囊腫或者是上頜骨囊腫，導致了牙齦凸起，也有一些造釉細胞瘤或者是角化囊腫發生惡性變化，不過幾率很小。
需要到醫院做全口曲線平展檢查，同時做頜骨CT檢查，排除了牙源性和頜骨囊腫后，才有可能是發生了牙齦囊腫。還要留意周圍的牙齒有沒有出現松動、疼痛等情況，要看是不是因為病變的牙髓所致，一般病變的牙在接受了治療以后，牙齦囊腫就會消失。
要注意自己的牙齒，勤刷牙。