引起牙痛、淋巴結腫大的原因很多，主要包括牙周膿腫、急性根尖周炎、根端囊腫等，需要到醫院進行詳細的檢查，盡早發現問題所在，以便采取相應的措施，以免延誤病情。
1、牙周膿腫：當牙周炎發展到晚期時，往往伴隨著深牙周袋的出現。牙周膿腫主要是因為在清潔或刮治的時候動作粗暴，或是對牙齦組織造成了損傷，也有可能是因為牙周炎患者的身體免疫力下降，或是有一些比較嚴重的系統性疾病，都會導致牙周膿腫的發生。可將大塊的牙石清除掉，也可使用抗菌藥物進行治療，必要時也可使用支持療法。
2、急性根尖周炎：指的是根尖周組織中出現的一種漿液性炎癥，或者是根尖周組織中出現的一種化膿性炎癥，嚴重者會發展成頜骨骨髓炎。在急性根尖周炎中，患者會有劇烈的疼痛，若不及時處理，則會導致炎癥擴散，導致局部腫脹。治療的原則是盡早進行手術，并在根尖周建立一個通暢的炎癥通道，以達到延緩炎癥的目的。
3、根端囊腫：由于牙根尖的肉芽腫，根尖受慢性炎癥的刺激，而使牙周殘存的上皮發生增生而形成的囊腫。該囊腫位于軟組織之下，其觸診的波動性較強，可發現淋巴結的擴大，并可能造成二次感染，引起牙痛及牙齦腫。在確診后，必須立即進行外科治療，以免引起相鄰牙齒的長期錯位和咬合紊亂。
可能是出現了深齲，也可能是在牙齒磨除的過程中出現了髓室損傷，導致了牙髓炎、再生障礙性貧血、血小板減少等情況。