小兒隱性脊柱裂可能與先天性的因素有關，影響椎管閉合不全或椎板與棘突發育缺如。從發育胚胎學上講，在胚胎的早期，脊髓在椎管內大致與椎管是等常的，以后椎管的增長較快，而脊髓的增長較慢。當椎管閉合不全合并脊髓發育畸形時，局部瘢痕粘連，造成脊髓固定于病變部位，同時脊柱裂部位有軟骨瘢痕及粘連逐漸增多，韌帶增厚，肌肉嵌入，又進一步形成繼發性的椎管狹窄，引起相應的癥狀。